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Mappez des millions de lectures courtes, décodez les lectures dans l'espace colorimétrique, visualisez les résultats de la cartographie

ZOOM Lite Captures d'écran

ZOOM Lite Note de la rédaction

ZOOM Lite est un logiciel de cartographie et de visualisation de données de séquençage de nouvelle génération. Les utilisateurs saisissent des génomes de référence et Illumina / Solexa lit des fichiers courts ou l'espace colorimétrique AB SOLiD lit des fichiers dans différents formats, tels que * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM génère les résultats de cartographie de ces courts lit sur la séquence de référence. ZOOM Lite possède un noyau de cartographie rapide et précis basé sur une nouvelle théorie des graines espacées multiples. Des lectures à extrémité unique et à paires finales de différentes longueurs de 15 pb à 240 pb peuvent être traitées. Tout nombre de mésappariements et une insertion / suppression de différentes longueurs entre la lecture et sa région cible sur la séquence de référence sont autorisés. Les résultats mappés de façon unique ou les meilleurs résultats (N supérieurs) pour chaque lecture seront rapportés en fonction des asymétries minimales et de la longueur indel. Les scores de qualité sont utilisés pour améliorer la précision de la cartographie. Basé sur le noyau de mappage, ZOOM Lite permet aux utilisateurs de charger des données de lecture locales et des données de séquence de référence, de sélectionner les paramètres appropriés, de traiter des données à volume élevé en parallèle sur un maximum de quatre CPU, de surveiller les tâches en cours, de stocker les résultats de mappage, d'afficher les graphiques de les résultats de mappage et les résultats de mappage de sortie dans les formats de fichier * .BED ou * .GFF pour une étude plus approfondie avec les informations de suivi du navigateur UCSC. Les résultats de la cartographie peuvent être visualisés dans n'importe quelle échelle souhaitée, du graphique de la profondeur de lecture sur un chromosome entier aux alignements de séquence détaillés entre les lectures et la séquence de référence. Les utilisateurs naviguent facilement vers les régions d'intérêt simplement en cliquant et en faisant glisser ou en faisant défiler. ZOOM Lite est un dérivé du logiciel ZOOM Studio.

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