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Produire des modèles informatiques précis de protéines basés sur le filetage des protéines

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RAPTOR Note de la rédaction

RAPTOR est un logiciel innovant conçu pour la prédiction précise de la structure des protéines. Il combine des outils d'analyse avancés dans une solution logicielle intégrée et propose trois méthodes de filetage différentes. L'approche unique d'optimisation de la programmation en nombres entiers de RAPTOR est la plus efficace pour trouver des modèles de structure de cibles avec une faible homologie de séquence et est capable de générer des modèles de haute qualité. L'interface facile à utiliser et les valeurs E faciles à comprendre sont idéales pour les débutants et les experts. Surtout, l'affichage intuitif de la sortie permet aux utilisateurs de comprendre les résultats d'un simple coup d'œil. Étant donné une séquence de protéine cible, s'il existe une protéine homologue avec une structure 3D connue, elle peut être trouvée en utilisant des outils de recherche de séquence comme PSI-BLAST, également fournis dans RAPTOR. La structure de la cible est alors construite à partir de la structure connue; cependant, lorsque l'homologie de séquence n'est pas significative, c'est-à-dire inférieure à 25%, PSI-BLAST ne peut pas arriver à un résultat sûr. Contrairement à PSI-BLAST, qui effectue simplement une recherche de séquence, le threading de protéines, la reconnaissance de plis, utilise à la fois les informations d'homologie et de structure. Il scanne la séquence protéique avec une structure inconnue par rapport à une base de données de structures connues. En utilisant une fonction de notation et en effectuant une analyse de compatibilité entre les structures tridimensionnelles et les séquences protéiques linéaires, le meilleur modèle structurel sera identifié à partir duquel construire la structure de la séquence. En conséquence, le filetage des protéines donne une prédiction supérieure à la modélisation d'homologie lorsqu'il existe une homologie de séquence marginale.

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