ZOOM Lite विनिर्देशों
|
लाखों लाखों छोटे मानचित्र, रंग स्थान में डिकोड पढ़ते हैं, मानचित्रण परिणामों की कल्पना करते हैं
ZOOM लाइट एक अगली पीढ़ी का अनुक्रमण डेटा मैपिंग और विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर है। उपयोगकर्ता इनपुट संदर्भ जीनोम और इल्लुमिना / सोलेक्सा शॉर्ट फाइलें या एबी सोलिड कलर स्पेस को विभिन्न स्वरूपों में फाइल पढ़ते हैं, जैसे कि। संदर्भ अनुक्रम पर पढ़ता है। ZOOM लाइट में एक नए डिज़ाइन किए गए कई स्थानित बीज सिद्धांत के आधार पर एक तेज़ और सटीक मैपिंग कर्नेल है। 15bp से 240bp तक की विभिन्न लंबाई वाली एकल-अंत और युग्मित-अंत दोनों को संभाला जा सकता है। संदर्भ अनुक्रम पर पढ़ने और इसके लक्ष्य क्षेत्र के बीच किसी भी संख्या में बेमेल और एक प्रविष्टि / हटाने की विभिन्न लंबाई को हटाने की अनुमति है। प्रत्येक रीड के लिए विशिष्ट मैप किए गए परिणाम या सर्वोत्तम (शीर्ष एन) परिणाम न्यूनतम बेमेल और इंडेल लंबाई के अनुसार रिपोर्ट किए जाएंगे। मैपिंग सटीकता बढ़ाने के लिए गुणवत्ता स्कोर का उपयोग किया जाता है। मैपिंग कर्नेल के आधार पर, ZOOM लाइट उपयोगकर्ताओं को स्थानीय रीड डेटा और संदर्भ अनुक्रम डेटा लोड करने, उचित मापदंडों का चयन करने, चार सीपीयू के बीच समानांतर में उच्च मात्रा डेटा संसाधित करने, चलने वाले कार्यों की निगरानी करने, मैपिंग परिणामों को संग्रहीत करने, ग्राफ़ के ग्राफ़ देखने की अनुमति देता है मैपिंग के परिणाम और आउटपुट मैपिंग के परिणाम * .BED या * .GFF फ़ाइल स्वरूपों के लिए UCSC ट्रैक जानकारी के साथ आगे के सर्वेक्षण के लिए। मैपिंग परिणाम किसी भी वांछित पैमाने पर देखे जा सकते हैं, एक पूरे गुणसूत्र पर रीड डेप्थ ग्राफ से लेकर रीड्स और संदर्भ अनुक्रम के बीच विस्तृत अनुक्रम संरेखण तक। उपयोगकर्ता क्लिक और ड्रैग या स्क्रॉल के माध्यम से आसानी से रुचि के क्षेत्रों में नेविगेट करते हैं। ZOOM लाइट ZOOM स्टूडियो सॉफ्टवेयर का व्युत्पन्न है।