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Mapee millones de lecturas cortas, decodifique lecturas en espacio de color, visualice resultados de mapeo

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ZOOM Lite Nota del editor

ZOOM Lite es un software de visualización y mapeo de datos de secuenciación de próxima generación. Los usuarios ingresan los genomas de referencia y los archivos de lecturas cortas Illumina / Solexa o el espacio de color AB SOLiD lee archivos en varios formatos, como * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta, etc. ZOOM genera los resultados de mapeo de estos cortos lee en la secuencia de referencia. ZOOM Lite tiene un núcleo de mapeo rápido y preciso basado en una teoría de semillas espaciadas múltiples de nuevo diseño. Se pueden manejar lecturas de extremo único y de extremo emparejado de varias longitudes desde 15 pb hasta 240 pb. Se permite cualquier número de desajustes y una inserción / eliminación de varias longitudes entre la lectura y su región objetivo en la secuencia de referencia. Los resultados mapeados de forma única o los mejores resultados (N principales) para cada lectura se informarán de acuerdo con las discrepancias mínimas y la longitud indel. Los puntajes de calidad se utilizan para mejorar la precisión del mapeo. Basado en el núcleo de mapeo, ZOOM Lite permite a los usuarios cargar datos de lectura locales y datos de secuencia de referencia, seleccionar parámetros adecuados, procesar datos de alto volumen en paralelo entre hasta cuatro CPU, monitorear las tareas en ejecución, almacenar los resultados de mapeo, ver los gráficos de resultados de mapeo y resultados de mapeo de salida en formatos de archivo * .BED o * .GFF para realizar más encuestas con la información de seguimiento del navegador UCSC. Los resultados del mapeo se pueden ver en cualquier escala deseada, desde el gráfico de profundidad de lectura sobre un cromosoma completo hasta alineaciones detalladas de secuencia entre las lecturas y la secuencia de referencia. Los usuarios navegan fácilmente a regiones de interés simplemente haciendo clic y arrastrando o desplazándose. ZOOM Lite es un derivado del software ZOOM Studio.

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