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何百万もの短い読み取りをマッピングし、読み取りを色空間でデコードし、マッピング結果を視覚化します

ZOOM Lite スクリーンショット

ZOOM Lite 編集者のレビュー

ZOOM Liteは、次世代のシーケンスデータマッピングおよび視覚化ソフトウェアです。ユーザーは参照ゲノムを入力し、Illumina / SolexaショートリードファイルまたはAB SOLiD色空間が* .fasta、*。fastq、* _ seq.txt、*。csfastaなどのさまざまな形式でファイルを読み取ります。ZOOMはこれらのショートのマッピング結果を出力します参照シーケンスを読み取ります。 ZOOM Liteには、新しく設計された複数の間隔を空けたシード理論に基づく高速で正確なマッピングカーネルがあります。 15bpから240bpまでのさまざまな長さのシングルエンドとペアエンドの両方の読み取りを処理できます。参照配列上のリードとそのターゲット領域との間の不一致の数、およびさまざまな長さの1つの挿入/削除が許可されます。一意にマッピングされた結果または各読み取りの最良（上位N）の結果は、最小の不一致とインデルの長さに従って報告されます。品質スコアは、マッピングの精度を高めるために利用されます。 ZOOM Liteは、マッピングカーネルに基づいて、ローカルの読み取りデータと参照シーケンスデータの読み込み、適切なパラメーターの選択、最大4つのCPU間での大量データの並列処理、実行中のタスクの監視、マッピング結果の保存、グラフの表示を可能にしますマッピング結果と出力マッピング結果は、UCSCブラウザトラック情報でさらに調査するために* .BEDまたは* .GFFファイル形式のいずれかです。マッピング結果は、染色体全体の読み取り深度グラフから、読み取りと参照配列間の詳細な配列アラインメントまで、任意のスケールで表示できます。ユーザーはクリックアンドドラッグまたはスクロールするだけで、目的の領域に簡単に移動できます。 ZOOM Liteは、ZOOM Studioソフトウェアの派生物です。

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