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Mappa milioni di letture brevi, decodifica letture nello spazio colore, visualizza i risultati della mappatura

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ZOOM Lite è un software di visualizzazione e mappatura dei dati di sequenziamento di prossima generazione. Gli utenti inseriscono genomi di riferimento e Illumina / Solexa short legge i file o AB SOLiD color space legge i file in vari formati, come * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta ecc. ZOOM restituisce i risultati della mappatura di questi short legge sulla sequenza di riferimento. ZOOM Lite ha un kernel di mappatura rapido e accurato basato su una teoria dei semi a spaziatura multipla di nuova concezione. È possibile gestire letture single-end e paired-end di varie lunghezze da 15 bp a 240 bp. È consentito qualsiasi numero di disallineamenti e un inserimento / eliminazione di varie lunghezze tra la lettura e la sua regione target sulla sequenza di riferimento. I risultati mappati in modo univoco o i migliori (in alto N) risultati per ciascuna lettura verranno riportati in base ai disallineamenti minimi e alla lunghezza indel. I punteggi di qualità vengono utilizzati per migliorare l'accuratezza della mappatura. Basato sul kernel di mappatura, ZOOM Lite consente agli utenti di caricare dati di lettura locali e dati di sequenza di riferimento, selezionare parametri corretti, elaborare dati ad alto volume in parallelo tra un massimo di quattro CPU, monitorare le attività in esecuzione, memorizzare i risultati della mappatura, visualizzare i grafici di risultati della mappatura e risultati della mappatura dell'output nei formati di file * .BED o * .GFF per ulteriori rilevamenti con le informazioni sulla traccia del browser UCSC. I risultati della mappatura possono essere visualizzati in qualsiasi scala desiderata, dal grafico della profondità di lettura su un intero cromosoma agli allineamenti di sequenza dettagliati tra letture e sequenza di riferimento. Gli utenti possono navigare facilmente verso le aree di interesse semplicemente facendo clic e trascinando o scorrendo. ZOOM Lite è un derivato del software ZOOM Studio.

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