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タンパク質のスレッディングに基づいて、タンパク質の正確なコンピューターモデルを作成します

RAPTOR スクリーンショット

RAPTOR 編集者のレビュー

RAPTORは、正確なタンパク質構造予測のために設計された革新的なソフトウェアです。高度な分析ツールを1つの統合ソフトウェアソリューションに統合し、3つの異なるスレッド方法を提供します。 RAPTORのユニークな整数プログラミング最適化アプローチは、配列相同性の低いターゲットの構造テンプレートを見つけるのに最も効果的で、高品質のモデルを生成できます。使いやすいインターフェースとわかりやすいE値は、初心者やエキスパートに最適です。とりわけ、出力の直感的な表示により、ユーザーは結果を一目で簡単に理解できます。標的タンパク質配列が与えられた場合、既知の3D構造を持つ相同タンパク質がある場合、RAPTORで提供されるPSI-BLASTなどの配列検索ツールを使用して見つけることができます。ターゲットの構造は、既知の構造から構築されます。ただし、配列相同性が重要でない場合、つまり25％未満の場合、PSI-BLASTは確実なヒットを見つけることができません。単純に配列検索を行うPSI-BLASTとは異なり、タンパク質のスレッディング、フォールド認識は、相同性と構造情報の両方を利用します。既知の構造のデータベースに対して未知の構造のタンパク質配列をスキャンします。スコアリング関数を使用し、3次元構造と線形タンパク質シーケンス間の互換性分析を実行することにより、シーケンスの構造を構築するための最良の構造テンプレートが識別されます。結果として、限界配列相同性がある場合、タンパク質スレッディングは相同性モデリングよりも優れた予測を提供します。

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