RAPTOR विनिर्देशों
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RAPTOR v4.5प्रोटीन थ्रेडिंग के आधार पर प्रोटीन के सटीक कंप्यूटर मॉडल का निर्माण करें
RAPTOR सटीक प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी के लिए डिज़ाइन किया गया एक अभिनव सॉफ्टवेयर है। यह एक एकीकृत सॉफ्टवेयर समाधान में उन्नत विश्लेषण उपकरण को जोड़ती है और तीन अलग-अलग थ्रेडिंग विधियां प्रदान करती है। RAPTOR का अद्वितीय पूर्णांक प्रोग्रामिंग ऑप्टिमाइज़ेशन अप्रोच निम्न अनुक्रम होमोलॉजी के साथ लक्ष्यों के स्ट्रक्चर टेम्प्लेट को खोजने के लिए सबसे प्रभावी है और उच्च गुणवत्ता वाले मॉडल बनाने में सक्षम है। शुरुआती और विशेषज्ञों के लिए उपयोग में आसान इंटरफ़ेस और समझने में आसान ई मूल्य आदर्श हैं। इन सबसे ऊपर, आउटपुट का सहज प्रदर्शन उपयोगकर्ताओं को केवल एक नज़र में परिणामों को समझने में सक्षम बनाता है। एक लक्ष्य प्रोटीन अनुक्रम को देखते हुए, यदि ज्ञात 3D संरचना के साथ एक समरूप प्रोटीन है, तो इसे PSI-BLAST जैसे अनुक्रम खोज टूल का उपयोग करके पाया जा सकता है, जिसे RAPTOR में भी प्रदान किया गया है। लक्ष्य की संरचना तब ज्ञात संरचना से निर्मित होती है; हालांकि, जब अनुक्रम होमोलॉजी महत्वपूर्ण नहीं है, यानी 25% से कम, PSI-BLAST एक भरोसेमंद हिट के साथ नहीं आ सकता है। PSI-BLAST के विपरीत, जो बस एक अनुक्रम खोज, प्रोटीन थ्रेडिंग, गुना पहचान करता है, होमोलॉजी और संरचना जानकारी दोनों का उपयोग करता है। यह ज्ञात संरचनाओं के डेटाबेस के खिलाफ एक अज्ञात संरचना के साथ प्रोटीन अनुक्रम को स्कैन करता है। एक स्कोरिंग फ़ंक्शन का उपयोग करके और त्रि-आयामी संरचनाओं और रैखिक प्रोटीन अनुक्रमों के बीच संगतता विश्लेषण का संचालन करके, सबसे अच्छा संरचनात्मक टेम्पलेट की पहचान की जाएगी जिससे अनुक्रम की संरचना का निर्माण किया जा सके। नतीजतन, प्रोटीन थ्रेडिंग सीमांत अनुक्रम होमोलॉजी होने पर होम्योलॉजी मॉडलिंग की तुलना में एक बेहतर भविष्यवाणी देता है।
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