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Erstellen Sie genaue Computermodelle von Proteinen basierend auf Protein-Threading

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RAPTOR ist eine innovative Software zur genauen Vorhersage der Proteinstruktur. Es kombiniert fortschrittliche Analysetools in einer integrierten Softwarelösung und bietet drei verschiedene Threading-Methoden. Der einzigartige Optimierungsansatz von RAPTOR für die Ganzzahlprogrammierung ist am effektivsten zum Auffinden von Strukturvorlagen von Zielen mit geringer Sequenzhomologie und kann qualitativ hochwertige Modelle generieren. Die benutzerfreundliche Oberfläche und die leicht verständlichen E-Werte sind ideal für Anfänger und Experten. Vor allem die intuitive Anzeige der Ausgabe ermöglicht es dem Benutzer, die Ergebnisse auf einen Blick zu verstehen. Wenn bei einer Zielproteinsequenz ein homologes Protein mit bekannter 3D-Struktur vorhanden ist, kann es mithilfe von Sequenzsuchwerkzeugen wie PSI-BLAST gefunden werden, die ebenfalls in RAPTOR bereitgestellt werden. Die Struktur des Ziels wird dann aus der bekannten Struktur aufgebaut. Wenn jedoch die Sequenzhomologie nicht signifikant ist, d. h. weniger als 25%, kann PSI-BLAST keinen sicheren Treffer erzielen. Im Gegensatz zu PSI-BLAST, bei dem lediglich eine Sequenzsuche durchgeführt wird, werden beim Protein-Threading und bei der Faltenerkennung sowohl Homologie- als auch Strukturinformationen verwendet. Es scannt die Proteinsequenz mit einer unbekannten Struktur gegen eine Datenbank bekannter Strukturen. Durch Verwendung einer Bewertungsfunktion und Durchführung einer Kompatibilitätsanalyse zwischen dreidimensionalen Strukturen und linearen Proteinsequenzen wird die beste Strukturvorlage identifiziert, aus der die Struktur der Sequenz aufgebaut werden kann. Infolgedessen liefert das Protein-Threading eine überlegene Vorhersage als die Homologiemodellierung, wenn eine marginale Sequenzhomologie vorliegt.

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