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Mapeie milhões de leituras curtas, decodifique leituras no espaço de cores, visualize os resultados do mapeamento

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O ZOOM Lite é um software de mapeamento e visualização de dados de sequenciamento de última geração. Os usuários inserem genomas de referência e os arquivos de leitura curta Illumina / Solexa ou o espaço de cores do AB SOLiD lê arquivos em vários formatos, como * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. O ZOOM produz os resultados de mapeamento desses breves lê na sequência de referência. O ZOOM Lite possui um kernel de mapeamento rápido e preciso, baseado em uma teoria de sementes espaçadas múltiplas recentemente projetada. Podem ser realizadas leituras de extremidade única e extremidade emparelhada de vários comprimentos de 15bp a 240bp. É permitido qualquer número de incompatibilidades e uma inserção / exclusão de vários comprimentos entre a leitura e sua região de destino na sequência de referência. Resultados mapeados exclusivamente ou os melhores (top N) resultados para cada leitura serão relatados de acordo com as incompatibilidades mínimas e o comprimento do indel. Os índices de qualidade são utilizados para aprimorar a precisão do mapeamento. Com base no kernel de mapeamento, o ZOOM Lite permite que os usuários carreguem dados de leitura local e dados de sequência de referência, selecione parâmetros adequados, processem dados de alto volume em paralelo entre até quatro CPUs, monitorem as tarefas em execução, armazenem os resultados do mapeamento, visualizem os gráficos de resultados de mapeamento e resultados de mapeamento de saída nos formatos de arquivo * .BED ou * .GFF para pesquisas adicionais com as informações de rastreamento do navegador UCSC. Os resultados do mapeamento podem ser visualizados em qualquer escala desejada, desde o gráfico de profundidade de leitura em todo um cromossomo até alinhamentos detalhados da sequência entre as leituras e a sequência de referência. Os usuários navegam facilmente para regiões de interesse simplesmente clicando e arrastando ou rolando. O ZOOM Lite é um derivado do software ZOOM Studio.

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