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Ordnen Sie Millionen von kurzen Lesevorgängen zu, dekodieren Sie Lesevorgänge im Farbraum und visualisieren Sie die Zuordnungsergebnisse

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ZOOM Lite ist eine Sequenzierungsdaten-Mapping- und Visualisierungssoftware der nächsten Generation. Benutzer geben Referenzgenome ein und Illumina / Solexa-Kurzlesedateien oder AB SOLiD-Farbraum-Lesedateien in verschiedenen Formaten wie * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta usw. ZOOM gibt die Zuordnungsergebnisse dieser Kurzformate aus liest auf der Referenzsequenz. ZOOM Lite verfügt über einen schnellen und genauen Mapping-Kernel, der auf einer neu entwickelten Theorie mit mehreren beabstandeten Seeds basiert. Es können sowohl Single-End- als auch Paired-End-Lesevorgänge unterschiedlicher Länge von 15 bis 240 Bp verarbeitet werden. Eine beliebige Anzahl von Fehlpaarungen und ein Einfügen / Löschen verschiedener Längen zwischen dem gelesenen und seinem Zielbereich in der Referenzsequenz sind zulässig. Eindeutig zugeordnete Ergebnisse oder beste (Top N) Ergebnisse für jeden Lesevorgang werden gemäß den minimalen Fehlanpassungen und der Indellänge angegeben. Qualitätsfaktoren werden verwendet, um die Abbildungsgenauigkeit zu verbessern. Basierend auf dem Mapping-Kernel können Benutzer mit ZOOM Lite lokale Lesedaten und Referenzsequenzdaten laden, geeignete Parameter auswählen, Daten mit hohem Datenvolumen parallel auf bis zu vier CPUs verarbeiten, die laufenden Aufgaben überwachen, die Mapping-Ergebnisse speichern und die Diagramme von anzeigen Zuordnungsergebnisse und Ausgabezuordnungsergebnisse in den Dateiformaten * .BED oder * .GFF zur weiteren Überwachung mit den Spurinformationen des UCSC-Browsers. Die Zuordnungsergebnisse können in jedem gewünschten Maßstab angezeigt werden, vom Diagramm der Lesetiefe über ein gesamtes Chromosom bis hin zu detaillierten Sequenzausrichtungen zwischen den Lesevorgängen und der Referenzsequenz. Benutzer können einfach durch Klicken und Ziehen oder Scrollen zu Regionen von Interesse navigieren. ZOOM Lite ist ein Derivat der ZOOM Studio-Software.

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