Ninja Gaiden II está situado na antiga cidade oriental em uma remota aldeia japonesa onde guerreiros ninja combatentes da guerra rebelde são divididos em grupos e marcaram seus territórios

Corte os inimigos com sua espada, faça jogadas com golpes perigosos e aguarde o maior tempo possível

Pegue armas e não poupe ninguém

Procure armas em uma base militar secreta na cidade em ruínas e proteja-as

Destrua monstros e tente sobreviver em uma vila abandonada

Reúna armas e recursos para sobreviver