Ninja Gaiden II er sat i den gamle orientalske by i en fjern japansk landsby, hvor oprørskrigskampen ninja krigere er opdelt i grupper og har markeret deres territorier

Drej fjender med dit sværd, lav ruller fra farlige hits, og hold ud så længe som muligt

Tag våben og skån ikke nogen

Se efter våben på en hemmelig militærbase i den ødelagte by og beskyt det

Ødelæg monstre og prøv at overleve i en forladt landsby

Saml våben og ressourcer for at overleve