Ninja Gaiden II er satt i den gamle orientalske byen i en ekstern japansk landsby der opprørskrigskampene ninja krigere er delt inn i grupper og har markert sine territorier

Slash fiender med sverdet ditt, lag ruller fra farlige treff, og hold ut så lenge som mulig

Ta våpen og ikke spar noen

Se etter våpen på en hemmelig militærbase i den ødelagte byen og beskytt det

Ødelegg monstre og prøv å overleve i en forlatt landsby

Samle våpen og ressurser for å overleve