Ninja Gaiden II speelt zich af in de oude oriëntaalse stad in een afgelegen Japans dorp waar rebellen die vechten tegen ninja-strijders zijn verdeeld in groepen en hun territorium hebben gemarkeerd

Slash vijanden met je zwaard, maak rollen van gevaarlijke hits en houd zo lang mogelijk vol

Neem wapens en spaar niemand

Zoek naar wapens op een geheime militaire basis in de verwoeste stad en bescherm deze

Vernietig monsters en probeer te overleven in een verlaten dorp

Verzamel wapens en middelen om te overleven