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Produza modelos de computador precisos de proteínas com base em segmentação de proteínas

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RAPTOR é um software inovador projetado para a previsão precisa da estrutura da proteína. Ele combina ferramentas de análise avançada em uma solução de software integrada e fornece três métodos de rosqueamento diferentes. A abordagem de otimização de programação inteira exclusiva do RAPTOR é mais eficaz para encontrar modelos de estrutura de alvos com baixa homologia de sequência e é capaz de gerar modelos de alta qualidade. A interface fácil de usar e os valores E fáceis de entender são ideais para iniciantes e especialistas. Acima de tudo, a exibição intuitiva da saída permite que os usuários entendam os resultados com uma simples olhada. Dada uma sequência de proteína alvo, se houver uma proteína homóloga com estrutura 3D conhecida, ela pode ser encontrada usando ferramentas de busca de sequência como o PSI-BLAST, também fornecido no RAPTOR. A estrutura do alvo é então construída a partir da estrutura conhecida; no entanto, quando a homologia de sequência não é significativa, ou seja, menos de 25%, o PSI-BLAST não pode apresentar um acerto confiável. Ao contrário do PSI-BLAST, que simplesmente faz uma pesquisa de sequência, encadeamento de proteína, reconhecimento de dobra, faz uso de homologia e informações de estrutura. Faz a varredura da sequência da proteína com uma estrutura desconhecida contra um banco de dados de estruturas conhecidas. Usando uma função de pontuação e conduzindo uma análise de compatibilidade entre estruturas tridimensionais e sequências lineares de proteínas, o melhor modelo estrutural será identificado a partir do qual construir a estrutura da sequência. Como resultado, o threading de proteína fornece uma previsão superior do que a modelagem de homologia quando há homologia de sequência marginal.

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